Projekt Genesis je kreirao tim znanstvenika koje je predvodila dr. Carol Marcus. Genesis (postanak) je postupak koji reorganizira molekularnu strukturu, a zasniva se na subatomskom djelovanju molekula od kojih se sastoje stanice. "Preslagivanjem" molekula se tako može iz neživog planeta stvoriti planet pogodan za život.
Dr. Marcus je planirala izvršiti projekt u tri faze. Njezin tim uspješno je dostigao fazu jedan u laboratoriju 2284 godine. Faza dva planirana je na beživotnom planetoidu, a Federacija je dopustila izvođenje testiranja na planetoidu Regula. Svemirski laboratorij Regula I nalazio se u orbiti oko planetoida. Tim inženjera Zvjezdane flote deset mjeseci je prokopavao tunele na testnom mjestu. Nakon godinu dana završen je posao i sve je bilo spremno za fazu dva. Faza dva je uspješno provedena i u kilometrima tunela ispod površine je sve vrvjelo biljkama i životom. Bio je velik uspjeh postići raznolikost života u pećini u kojoj nije bilo pogodnosti za život, a i veliko iznenađenje. Vrlo brzo se stvarao ekosustav u pećini i činio sve više i više nevjerojatno.
Zvjezdana flota je dodijelila USS Reliant projektu pronalaska testnog mjesta za fazu tri. Dr. Marcus je planirala projekt na razini planetarnog opsega. Trebalo je poslati Genesis uređaj u obliku torpeda koji će se moći lansirati na beživotni mjesec ili planet. Detonacija bi napravila eksploziju koja bi promijenila planet, te bi se na njemu počeo razvijati život i planet bi postao naseljiv.
Nažalost, projekt Genesis ima i lošu stranu, stvara život na mrtvom ili nenaseljenom planetu, ali pri tome nestaje ono što je bilo prije. Tako da se torpedo mogao poslati na naseljeni planet, te bi uništio sav život na planetu i napravio novi ekosustav. Genesis na živom naseljivom planetu može ubiti bilo koje živo biće, čak veličine mikroba. Zato je Reliantu dodijeljen zadatak da pronađe apsolutno "mrtav" planet koji nema nikakvog života.
Na nesreću, dok je istraživao planet Ceti Alpha V, Reliant je oteo Khan Noonien Sing, kojeg je na Ceti Alphi V ostavio kapetan Kirk mnogo godina ranije.
Khan i njegovi preživjeli zauzimaju Reliant u pokušaju da unište Enterprise i otmu Genesis torpedo. U kratkoj borbi Khan oštećuje Enterprise i malo poslije uspijeva ukrasti Genesis. No, slijepo vođen mržnjom i željom da uništi Kirka, slijedi ga u Mutara maglicu gdje oba broda nemaju senzora, te Kirk domišljatim pristupom teško oštećuje Reliant, a Khan aktivira Genesis torpedo. Enterprise na vrijeme uspijeva pobjeći prije razorne eksplozije, koja je bila toliko jaka da je uništila cijelu maglicu.
Flotin znanstveni tim na čelu s Dr. Davidom Marcusom - sinom dr. Carol i Kirka, u istraživanju planeta kojeg je pogodio val od eksplozije otkriva da je efekt Genesisa regenerirao Spockovo tijelo. Spock je poginuo od zračenja kojem se izložio kako bi spasio cijeli brod. Planet je bio oaza života i raznovrsnih biljaka i životinja.
Klingonci su saznali za ovaj projekt i misleći da se radi o novom oružju koje proizvodi federacija, šalju brod da istraži o čemu se radi i da po mogućnosti dođu do Genesisa.
U orbiti oko Genesis planeta, Klingonci uništavaju USS Grissom, istraživački brod koji je doveo dr. Davida Marcusa na planet, te hvataju tim koji se iskrcao s Grissoma.
Kapetan Kirk usprkos zapovijedima dolazi s Enterpriseom i napada ga klingonska ptica grabljivica (BoP). Nakon što je namjestio samouništenje, Kirk i njegovi časnici se teleportiraju na planet, a u isto vrijeme na Enterprise se teleportira skupina Klingonaca s naredbom da zauzmu Enterprise. No, Enterpise eksplodira i njegovi dijelovi ostavljajući trag u obliku kometa padajući na planet. Planet se destabilizirao i došlo je vulkanskih erupcija i potresa, jer je David Marcus koristio nestabilnu protomateriju kako bi ubrzao završetak projekta.
Zvjezdana flota je još neko vrijeme nastavila rad na tom projektu ali je na kraju odustala jer projekt nikad nije proradio. Bilo je preopasno dopustiti da dođe u krive ruke. Federacija je klasificirala projekt Genesis u klasu oružja za masovno uništenje iako tome prvotno nikako nije bio namijenjen.